Khoản lợi tức của doanh nghiệp tư nhân được quy định tại khoản 3 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC (được sửa đổi bởi khoản 6 Điều 11 Thông tư 92/2015/TT-BTC) như sau:

Các khoản thu nhập chịu thuế

Theo quy định tại Điều 3 Luật Thuế thu nhập cá nhân và Điều 3 Nghị định số 65/2013/NĐ-CP, các khoản thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân bao gồm:

...

3. Thu nhập từ đầu tư vốn

Thu nhập từ đầu tư vốn là khoản thu nhập cá nhân nhận được dưới các hình thức:

...

c) Lợi tức nhận được do tham gia góp vốn vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh, hợp tác xã, liên doanh, hợp đồng hợp tác kinh doanh và các hình thức kinh doanh khác theo quy định của Luật Doanh nghiệp và Luật Hợp tác xã; lợi tức nhận được do tham gia góp vốn thành lập tổ chức tín dụng theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng; góp vốn vào Quỹ đầu tư chứng khoán và quỹ đầu tư khác được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật.

Không tính vào thu nhập chịu thuế từ đầu tư vốn đối với lợi tức của doanh nghiệp tư nhân, công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ.

d) Phần tăng thêm của giá trị vốn góp nhận được khi giải thể doanh nghiệp, chuyển đổi mô hình hoạt động, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất doanh nghiệp hoặc khi rút vốn.

...

Theo quy định trên thì không tính vào thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân từ đầu tư vốn đối với lợi tức của doanh nghiệp tư nhân.

Như vậy, chủ doanh nghiệp tư nhân không phải nộp thuế thu nhập cá nhân đối với khoản lợi tức của doanh nghiệp tư nhân.